Les referències a Lligordà són antigues i es remunten al segle X.
La primera menció escrita de la contrada la trobem en una butlla del Papa Benet VII de l’any 977, amb el nom de Ligordonum. Al llarg dels anys el terme anirà patint diverses variacions, i ens trobem els noms de Logordani, Logorzano, Logordano o Lligordano, com a possessió històrica que els vescomtes de Bas tenien en els territoris de Besalú. D’aquí que la documentació al respecte sigui nombrosa i que existeixin tot un seguit de donacions, llegats i testaments que hi facin referència.
La primera menció de l’església és d’un segle més tard, en un document datat l’any 1079 on s’explica la cessió de Sancti Petri de Logordani al monestir de Sant Joan Les Fonts per part d’Udalard, vescomte de Bas, i la seva esposa Ermessenda. De tota manera, la construcció és clarament del segle XII, el que indica que existia una església anterior que fou enderrocada i que segurament la planta de la qual fou reutilitzada. En aquest sentit, Sant Pere de Lligordà té dues característiques que apuntarien a aquest fet i que concorden amb les particularitats de les esglésies de la Garrotxa. D’una banda, la construcció és d’una sola nau, fet habitual en el romànic primerenc de la zona i que indica que l’església del XII va seguir la mateixa planta. De l’altra el fet de que l’entrada al temple es troba a la façana meridional, quan el més normal en les esglésies romàniques és que l’entrada estigui a la cara occidental. El fet de que algunes esglésies de la Garrotxa tinguin l’entrada al sud pot ser degut a factors climatològics, ja que permet una major entrada de llum del sol al llarg del dia. A la porta ens tornem a trobar un passador en forma de serp amb banyes, tal i com veiem també a Sant Feliu de Beuda, i també podem admirar un antic campanar d’espadanya reconvertit en torre en una data tan tardana com el segle XVIII.
Si ens endinsem a l’interior ens trobarem una altra particularitat, com és el fet de que la nau està lleugerament apuntada, el que indicaria un defecte constructiu. Segurament l’església original, també d’una sola nau, estava construïda amb elements més lleugers que la pedra. En fer la nova construcció és molt possible que la nau no aguantés el pes, motiu pel qual els constructors van decidir fer la volta amb una pedra porosa i lleugera com el travertí. El resultat va ser que la volta acabés apuntada i no acabés de definir la volta de canó.
Finalment és important esmentar que Sant Pere de Lligordà estava ornat en el seu interior amb un important retaule del segle XVI del mestre Pere Mates, que representava escenes de la vida i el màrtir de Sant Pere, junt amb unes imatges al natural de Sant Pere i Sant Pau. Malauradament aquest retaule va desaparèixer de l’església el 1933, sense que se sàpiga encara el seu destí.